Turussa yksi lempikohteistani on tietysti linna. Tässä linnassa virui vankina myös eräs esi-isäni, nuijasotapäällikkö Jaakko Ilkka, koska hän oli nostanut talonpojat kapinaan tammikuussa 1596 käskynhaltija Klaus Flemingiä vastaan. Felming toimi Suomen ja Viron käskynhaltijana, joka tarkoitti käytännössä lopulta sitä, että hän oli itsenäinen sotilasdiktaattori Suomen alueella. Flemingin toimesta Suomessa oli sotilaiden linnaleirimajoitus, joka tarkoitti tuohon aikaan talonpojille asetettua ylimääräistä sota-apuverojen maksamista ja sotilaiden majoittamista ja kestitsemistä. Tämä sotaväen elatusvelvollisuus koettiin raskaaksi ja edesauttoi kapinamielen kehittymistä.
Nuijasodaksi nimitetty talonpoikaiskapina käytiin talvella 1596-97. Nuijasodan puhkeamisen syyksi on arveltu monen asian summaa; talonpoikien sotaväsymystä (juuri käyty sota "pitkä viha" 1570-1595), katovuosia, linnaleiriä, joka jatkui vuosia sodan loppumisen jälkeenkin, poliittista kiihkoa ja lisääntynyttä aatelin harjoittamaa talonpoikien riistoa. Nuijasota alkoi marraskuussa 1596, kun Turun linnasta paennut nuijapäällikkö Jaakko Ilkka lähetti joukkonsa useina ryhminä etelään. Nokialla käyty taistelu päättyi tappioon vuoden 1596 lopussa. (Taistelupaikkaa kutsutaan Kalmaanmäeksi ja sen pellosta on kuulemma noussut ihmisluita esiin vielä 1900-luvullakin.) Muut nuijamiesjoukot lyötiin joulukuun ja tammikuun aikana eri puolilla Suomea. Toinen kapina-aalto nousi pian, mutta kukistettiin Santavuoren taistelussa helmikuussa 1597.
Sota-väsymys ja linnaleirin epäoikeudenmukaisuuksiin kyllästyminen poiki kapinoita ympäri Suomea pitkin 1570-, -80 ja -90-lukuja. Kapinoita johtivat usein varakkaat suurtilalliset, koska heidänkin omaisuutensa joutui linnaleirin kohteeksi. Erityisesti Pohjanmaalla kapinajohtajina toimivat talonpoikien veronkantajiksi valitsemat neljännesmiehet ja nimismiehet, jotka koettiin luottamushenkilöiksi. He olivat paikallisen itsehallinnon tärkeimpiä miehiä, asettuen talonpoikien ja kruunun virkamiesten välimaastoon.
Jaakko Ilkan arvellaan syntyneen 1540-luvulla Ilmajoella. Ilkkalan talosta tuli aikaa myöten Ilmajoen toiseksi suurin tila Peltoniemen jälkeen, josta arvellaan Jaakon äidin suvun juontuvan. Jaakko oli kahdesti naimisissa, mutta vaimojen nimiä ei tiedetä. On kuitenkin arveltu, että toinen vaimo oli ruotsinkieliseltä rannikolta tai mahdollisesti Turkulaisen kauppiaan tytär. Jaakolla tiedetään olleen ainakin kaksi poikaa, Mikki ja Jooseppi. Jaakko itse oli ratsutilallinen, nimismies, maakauppias, ja laivan omistaja (hänen tiedetään kuljettaneen mm viljaa ja suolakalaa Tallinnaan sekä voita ja tervaa Tukholmaan). Ilkka vaurastui kaupankäynnillä ollen vuonna 1591 Etelä-Pohjanmaan seitsemänneksi rikkain kauppias. Hän omisti tuolloin neljä hevosta, 30 nautaa ja 32 lammasta.
Turun linnaan hänet vangittiin tammikuussa 1596, josta hän pääsi kuitenkin pakenemaan saman vuoden syksyllä. Sodan loputtua hänet vangittiin perimätiedon mukaan Ilmajoella Kuhnalan pellolla ja mestattiin Isonkyrön kirkolla tammikuussa 1597 viiden muun nuijapäällikön kanssa. Mestattujen ruumiit vietiin kotikirkolle teilipyörän päälle varoitukseksi muille. Ilamjoella teilipaikalle rakennettiin Ilkan muistomerkki vuonna 1924.
Klaus Fleming, jota vastaan talonpoikaiskapina kohdistui, syntyi noin 1535 Kuitian kartanossa Paraisilla. Hänen isänsä oli valtaneuvos ja laamanni ja yksi kuningas Kustaa Vaasan tärkeimpiä liittolaisia Suomessa. Hänen äitinsä kuului merkittävään ruotsalaiseen Sparre af Rossvik-aatelissukuun. Klausin isä kuoli hänen ollessaan 13-vuotias ja hän alkoi suuntautua intohimoisesti sotilasuralle. Hän johti vain 20-vuotiaana hiihtopartiota suuressa Venäjän sodassa. Häntä on kuvailtu peräänantamattomaksi, häikäilemättömäksi, itsepäiseksi, leppymättömäksi ja jopa vainoharhaiseksi. Hän oli tunnettu karuista tavoista, törkeistä puheista ja rahvaanomaisesta käytöksestä. Sotilaittensa parissa hän oli kuitenkin hyvin suosittu.
Nuijasodan jälkeen Klaus Fleming kiirehti Turkuun, mutta kesken laivaston varustamista Pirkkalassa hän sairastui yllättäen pahasti. Luvattuaan tavata vaimonsa Perniön kuninkaankartanossa, hän lähti matkaan sairaana. Huonokuntoisena hän joutui seisahtumaan Pohjan kirkon tienoille ja kuoli huhtikuun 12. ja 13.päivien välisenä yönä 1597 talonpoikaistalossa Pohjassa. Tästä nousi muun muassa huhuja, että Pohjanmaan noidat olisivat noituneet hänet tai oli tapahtunut Jumalan kosto. Flemingin ruumis kuljetettiin Turun linnan kappeliin ja sieltä edelleen Paraisten kirkon sukuhautaan. Hänen vaimonsa vietiin vangittuna Tukholmaan ja molemmat poikansa Johan ja Olof teloitettiin Turun verilöylyssä 1599. Hänen vaimonsa vapautettiin myöhemmin ja heidän kaksi tytärtään avioituivat sittemmin varakkaisiin mahtisukuihin.
